被派往外地，他们的同党大哗。叶向高从大局出发，秉公处理此事，考核官吏的大典才不受扰乱。但两派之间的争斗却愈演愈烈，到后来，齐、楚、浙三大派系不遗余力地攻击东林党。等到了王绍徽等撰写所谓《东林点将录》，让魏忠贤按姓名驱逐朝臣，因为叶向高曾保护东林党人，被点名为东林党党魁。
叶向高离职六年后，光宗即位，特别下诏要召回他。不久，熹宗即位，又下诏催促他回京，叶向高多次推辞，都没有获准。，叶向高回到朝廷，授中极殿大学士，再次成为内阁首辅，他说：“我服务陛下的祖父八年，当时奏章都由我草拟。即使是陛下想实行它，也要派遣中使向我宣布。如有不同意的事情，我都极力争取，您的祖父也多半能听从，不会强行拟任何旨意。陛下您虚怀若谷，谦逊有礼，信任辅臣，但不免会因流言生出难以决定的争论。应当慎重地对待诏书，所有的事情都要命令我等草拟上报。”熹宗高兴地答应了，不久皇帝采纳叶向高的请求，发放帑银二百万两，作为东西战事的急需。
熹宗执政之初，满朝廷臣都是贤能英才，百姓都高兴地希望国家得到治理，然而皇帝本来就很年轻，不能够辨别忠臣和奸臣。魏忠贤、客氏逐渐窃取了国家大权，阴谋杀害太监王安，有逐步赶走了吏部尚书周嘉谟和言官倪思辉等人。大学士刘一燝也极力请求离职，叶向高说：“客氏出宫又进宫，而顾命大臣刘一燝还赶不上一个保姆，致使大臣们想要揣摩圣意却陷入茫然之中，这样的倾向应当防止。”魏忠贤看到叶向高的奏疏指责自己，十分怀恨叶向高。不久，刑部尚书王纪被剥夺官籍，礼部尚书孙慎行、都御史邹元标先后被攻击离职，叶向高争论没有结果，于是请求跟邹元标一起被罢免，熹宗没有接受，魏忠贤由此更加怀恨叶向高了。
叶向高再任首辅，事奉未成年的皇帝，不能像明神宗时忠诚直谏，但还是有多次纠正，给事中章允儒请求减少上供的袍服，太监激皇帝发怒，命令廷杖章允儒。叶向高两次上疏营救，于是只剥夺了章允儒俸禄一年，御史帅众指责宫廷事务，太监请求皇帝把这个人派往外地，因为叶向高的营救而得以幸免。给事中傅魁营救王纪，熹宗要把他贬职流放，也因为叶向高替他说话，只是剥夺了他的俸禄。王纪被罢免后，御史吴牲、王祚昌举荐