他，部议用原官职召回他，魏忠贤很不高兴，准备重罚文选郎，叶向高也进行营救，使他得以幸免。
给事中陈良训上疏指责有权势的太监，魏忠贤摘取奏疏中“国家命运将要终结”的话，命令将他下狱，穷追教唆之人，叶向高以辞职相争，于是只剥夺陈良训的俸禄而已。熊廷弼、王化贞被判处死刑，言官劝皇帝尽快处决他们，叶向高请求等司法部门复核之后再决定，皇帝同意了。有人请求将全国各省、府、州、县的仓库储蓄全都搜刮运到京师，叶向高说：“省城的库藏都已穷尽了，藩库里还稍有富余。倘若全都搜刮尽了，突然出现象山东白莲教叛乱一类的事变，拿什么去对付呢？”熹宗不听。
当时，朝臣跟魏忠贤对抗的都依靠叶向高，魏忠贤于是故意拿一些小事来责难叶向高，使他为难，为此，叶向高多次要求辞职。给事中傅魁弹劾左光斗、魏大中勾结汪文言，利用职权接受贿赂，熹宗下诏命令将汪文言下狱。叶向高说：“汪文言在内阁办事，实际是我提名的。左光斗等人勾结汪文言的事情不明不白，我任用汪文言却是清楚的。乞求陛下只处罚我一人，而宽免其他人，来消除官员们的灾祸。”于是，叶向高极力要求尽快罢免自己，在当时，魏忠贤想独揽大权，害怕那些在朝的正人君子，等候时机下手。得到傅魁的奏疏十分高兴，想借此罗织东林党人的罪名，最终因忌惮叶向高等旧臣，连同左光斗等人都没有定罪，只处罚了汪文言一人，然而此事也成了东林党狱的导火索。
杨涟上疏弹劾魏忠贤的二十四条大罪，叶向高认为事情到了决裂的份上，是极不应该的。廷臣先后上疏数十次，有人劝叶向高颁布这事，可以击败魏忠贤。叶向高考虑到魏忠贤无法轻易除掉，阁臣从中斡旋，还有希望不至酿成大祸，于是上疏称颂魏忠贤勤劳，朝廷太宠爱他，盛名之下难免招致非议，应该解除他的权力，让他回老家，保全他的始终。魏忠贤看后很不高兴，假传圣旨为自己表功，累计一百多字，叶向高吃惊地说：“这不是太监所能够干的，一定是有人代替他起草的。”侦察后得知，此人就是徐大化。
魏忠贤虽然气愤，但因为外廷势力还很强大，并不敢加害叶向高，他的党徒中有人劝导他制造大案，魏忠贤这才下定决心。在这之后，工部郎中万燝因弹劾魏忠贤