而遭受廷杖刑罚，叶向高极力营救无效，万燝死于棍下。不久，御史林汝翥也因为冒犯太监而遭廷杖，林汝翥很害怕，投奔到遵化巡抚驻所。有人说林汝翥是叶向高的外甥，众太监包围叶向高的住宅大声喧闹，叶向高认为自己对国家的时事已无能为力，乞求离职已达二十多次，到这时请求离职更加坚决。熹宗于是下诏加封叶向高为太傅，派行人护送他返乡，赏赐给他的财物比按常法赐予的还要多，不久又听任他辞去太傅，每月赐给他五石米，八个轿夫。
叶向高被罢免后，韩爌、朱国祯相继成为首辅，没多久都被罢免，谄媚小人占据要职，清高的士大夫们无所倚靠。魏忠贤首先诬陷杀死了杨涟，然后是左光斗等人受辱被杀，魏忠贤贬除朝中异己，正直臣子为之一空，明熹宗驾崩，叶向高也在当月去世，终年六十九岁。