提出李选侍是光宗的旧人，逼之太急是否有失体统。杨涟立即斥之道：“诸臣受顾命于先帝，先帝自欲先顾其子。”并且表示“能杀我则已，否则，今日不移，死不去。”其他大臣亦纷纷赞言助之，词色俱厉，惊动了殿中的太子。太子遣人斥群臣退去，杨涟仍不肯服从，继续抗辩道：“选侍阳托保护之名，阴图专擅之实，宫必不可不移。”在杨涟等的坚持下，朱由校只好下旨遣李选侍即日移宫。李选侍接旨，知败局已定，只好哭哭啼啼地迁出乾清宫，朱由校正式登基，即明熹宗。
从朱常洛驾崩到朱由校登基，前后不过六日，杨涟为辅佐太子顺利登基呕心沥血，几乎是夜夜不寝，史书上称在六天内“涟须发尽白，帝亦数称忠臣”。不久后，杨涟升任兵科都给事中，当时御史冯三元等极力诋毁熊廷弼，杨涟公正疏陈此事。不久后，他弹劾兵部尚书黄嘉善八大罪，黄嘉善遭罢免。
然而，这位在杨涟等正直朝臣舍命扶持下才得以登基的朱由校，并没有像东林党所希望的那样革除弊政，相反却是变本加厉，更加荒淫奢靡、昏庸无能。宦官魏忠贤和朱由校的乳母客氏相勾结，在宫中独揽大权，肆意为虐，一些官吏纷纷投靠魏忠贤，结成“阉党”，打击和排斥东林党人。杨涟怀着满腔的悲愤，决心挺身而出，讨伐魏忠贤。
杨涟将写好的奏疏藏在怀里，准备趁早朝时面奏朱由校，当场揭露魏忠贤。不巧当日免朝，杨涟“恐再宿机泄”，只好交会极门转呈朱由校。杨涟在奏疏中列举了魏忠贤的二十四条罪状，揭露他迫害先帝旧臣、干预朝政，逼死后宫贤妃，操纵东厂滥施淫威等罪行，最后指出魏忠贤专权的恶果是“致掖廷之中，但知有忠贤，不知有陛下；都城之内，亦但知有忠贤，不知有陛下”。请求朱由校“大奋雷霆，集文武勋戚，敕刑部严讯，以正国法”。
杨涟此疏，字字句句，如雷霆万钧，击中魏忠贤的要害，魏忠贤闻疏后惊恐万状，慌忙跑到朱由校面前哭诉其冤，并利用朱由校不识字的缘故，削减罪状。弄得朱由校真假难辨，好坏不分，反而温言抚慰魏忠贤，“严旨切责”杨涟。自此以后，魏忠贤对杨涟恨之入骨，魏忠贤矫旨责杨涟“大不敬”、“无人臣礼”，将杨涟革职为民。
挤走了杨涟，魏忠贤仍不肯善罢干休，必欲置之死