狂风骤起，天昏地暗，人畜，树木，砖石等被卷入空中，又随风落下，数万房屋尽为齑粉，死伤两万余人，让人心惊胆颤，触目惊心。灾后，男女尽皆裸体，衣物首饰器皿全都飘到西山上去了，紫禁城外正在修缮围墙的三千工匠尽皆跌下脚手架，摔成肉袋，正在用早膳的天启帝躲在龙书案下才幸免于难。奇怪的是爆炸中心却“不焚寸木，无焚烧之迹“，用火药库爆炸或地震引起灾变，都难以解答，一时间，众说纷纭，天怒人怨，朱由校不得不下罪己诏，大赦天下。
京师爆发大水，江北、山东出现了旱灾和蝗灾，江北又发大水，河南出现蝗灾，大江南北，民不聊生，朝廷内外，危机四伏。
朱由校在客氏、魏忠贤等人的陪同下，到西苑游船戏耍，在桥北浅水处大船上饮酒，又与王体乾、魏忠贤及两名亲信小太监去深水处泛小舟荡漾，却被一阵狂风刮翻了小船，不小心跌入水中，差点被淹死。虽被人救起，经过这次惊吓，却落下了病根，多方医治无效，身体每况愈下，后来尚书霍维华就进献了一种名为“灵露饮”的“仙药”，因其味道清甜可口，朱由校便天天饮用，以致得了肿胀病，逐渐浑身水肿，最终卧床不起。
朱由校在乾清宫召见内阁大臣、科道诸臣，下诏说魏忠贤、王体乾对皇帝忠心耿耿，可以用来商议国家大事，并且封魏忠贤的侄子魏良栋为东安侯。朱由校预感到自己来日不多，便召五弟信王朱由检入卧室，说：“来，吾弟当为尧舜。”命他继位。次日，召见内阁大臣黄立极，说：“昨天召见了信王，朕心甚悦，身体觉得稍微好些了。”朱由校驾崩于乾清宫，信王朱由检随即登基，年号崇祯，上尊谥达天阐道敦孝笃友章文襄武靖穆庄勤悊皇帝，庙号熹宗，葬于十三陵之德陵。