死守城，坚守三月，城内食尽粮绝。赵彦下令招降，除徐鸿儒外一概免死，红巾军被分化瓦解，有四万七千多人向官军投诚，擒获红巾军首领徐鸿儒，押解到京城，处以分裂肢体的酷刑，历时七个月，轰轰烈烈的白莲教起义彻底失败。赵彦镇压白莲教有功，晋升为兵部尚书兼右副都御史，再加太子太保。
赵彦在尚书任上，竭尽人臣之能事，惩治边防将领克扣军饷、奴役军人、虚报兵丁、侵吞战马等军用物资的行为，加强边防。传闻清兵欲从喜峰口进犯，赵彦非常忧虑，提出八条建议，被皇帝采纳并受到褒奖。贵州征讨苗兵屡次失败，赵彦列举八条对策，朝廷颁布诏书在军中施行。左副都御史杨涟弹劾魏忠贤二十四条罪状，熹宗帝姑息养奸袒护魏忠贤，赵彦亦抗疏劾之，因此被魏忠贤所憎恶，杨涟等一批大臣被魏忠贤迫害致死，赵彦被罢免官职遣归原籍。
赵彦回到家乡后在城北创办书院，设有燃藜楼、会经堂、西廊，门口立有义学坊，史称‘赵公书院’，崇祯年间闹灾荒，赵彦输粟赈贫救活许多人。