乃数请金氏等神父为其解罪，但均不获允，且谓其曰：“非去犯罪之端，罪难解也！”王徵于是痛自追悔，立意嫁妾以赎罪，但尚氏则力加挽留，而申氏也痛哭几殒，声言愿进教守贞，誓死不肯改嫁，王徵无法。
王徵之父病卒，王徵乞同年好友郑鄤为其父母撰墓志铭，他在《为父求墓志状稿》一文中，称已过继大弟徽之次子永春为嗣，王徵或以此法摆脱绝嗣的压力。王徵稍后又过继季弟彻之三子永顺为嗣，此故，他在分家所写之《析箸文簿自叙琐言》一文中，即称己写有嗣书两纸，要二子各自珍藏。
丁忧服满的王徵，在登莱巡抚孙元化的荐举下获授辽海监军道，协助同为天主教徒的孙氏练兵。孔有德率部在吴桥叛变，且陷登州城，孙元化在自刎未遂后，与王徵等官同遭叛军所掳。孔有德用耿仲明之计，尽放孙元化和王徵等人还朝，孙元化遭弃市，王徵则很幸运地因友人来于廷加意为其昭雪，而仅发送附近卫所充军，于廷其时适以刑部山东司员外郎的身份审理此桉，稍后，王徵遇赦还家。
王徵赦归之后，因流寇猖獗，乃在地方募乡兵以自卫，据《鲁桥镇志》中申氏小传的记载，他当时“忧深国事，克意图贼，夙夜匪懈，终身不入内室”，其实，他不入内室的主因，应为避免加重违反教规之罪，或由于申氏与王徵仅有过相当短的正常婚姻生活，以致她一直不曾生育。王徵此时对天主教的信仰益发虔诚，四处募款营建景天阁教堂。
年已六十六岁的王徵，下定决心要将其婚姻问题彻底解决，他公开发表〈祈请解罪启稿〉一文，承认自己曾严重违反“十诫”的教规，并称日前偶读及《弥格尔张子灵应奇迹》和《口铎日抄》中有关自己曾宣称不愿娶妾一事，更觉羞愧悔恨，故立誓从今而后，视申氏一如宾友，且断色以求解罪。但王徵或与杨廷筠一样，仅将申氏异处，而非休弃，此故，申氏于王徵死后仍被要求为王家掌理家务。
李自成陷西安，王徵听闻李自成欲其出来做官，于是先自题墓石曰《有明进士奉政大夫山东按察司佥事奉敕监辽海军务了一道人良甫王徵之墓》，又书《精白一心事上帝，全忠全孝更无疑》等字付其子永春，更引佩刀坐卧家中的天主堂准备自尽，声言欲“以颈血谢吾主”。后李自成的使者果至，王徵遂拔所佩高