，李青山带百余骑兵由新泰石莱山一带撤至泗水、临沂，被总兵杨御蕃招降。
李青山的归顺引起围剿义军武将的不满，四处散布杨御蕃的流言，杨御蕃因此被下狱审查，李青山因担心遭报复再度“复叛”。李青山被杨御蕃之侄杨衍，追至费县东部的箕山用箭射中胳膊，为部将齐翌龙俘获，与王邻臣等二十余名主要头领槛送京师，磔刑处死。
李青山起义失败后，大臣左懋第上书朝廷禁毁《水浒传》一书，朝廷下旨命兵部尚书龚彜负责查禁事宜。李青山起义因截漕而震惊朝野，因此又被史学界称为明末“截漕”案，无锡市博物馆收藏有西安美院讲师薛堃2010年创作的大幅油画“李青山截漕”。
李青山起义虽然只坚持了半年多的时间，但声势浩大，是当时山东地区规模最大、组织最严密的农民斗争，给明廷以沉重打击，有力地策应和配合了李自成推翻明王朝腐朽统治的军事斗争。