凉、巩昌，又击败了他们。巡抚孙传庭部下的士兵许忠叛变，勾结贼将混十万马进忠打算进犯西安，变蛟正在外边追击过天星，听说这边发生叛乱急忙返回，叛兵于是逃走了。孙传庭这时已经杀了高迎祥，他的同党过天星、混天星盘踞在洮州、岷州、阶州、文县的深山巨谷中。洪承畴派遣变蛟、左光先以及祖大弼、孙显祖联合出击，明军进入山中，在郭家坝与贼兵相遇，天正下着大雨，各位将领竭力作战，贼兵死伤不计其数，后来因为粮食吃光他们只好率兵返回。
阶州陷落，变蛟与左光先同时被扣发了俸禄，不多久被提升为都督佥事，担任临洮总兵官。这个时候，洪承畴和孙传庭一起誓师要消灭贼兵，传庭在东面作战，承畴在西面，东面的贼兵几乎全部被剿灭完了，在西面的贼兵又从阶州、成县出击西和与礼县。光先、显祖都没有立什么战功，只有变蛟降服了小红狼，剩余的贼兵逃窜到徽州、西当、成县、凤县一带，不敢大肆逞凶了。
贼兵窥测到四川兵力空虚，就占领了宁羌州，分兵三路，连续占领了三十多个州县。承畴率领变蛟从沔县经过宁羌，翻过七盘、朝天两座山关，由于山高路窄，军马饥饿疲劳，年底才抵达广元，贼寇已经返回去陕西，变蛟等返回拦截，斩获五百多首级。当时，兵部尚书杨嗣昌创立了“四正六隅”的战略计划，限期三个月剿尽贼兵，因为逾期未能消灭贼兵，对各级官兵遍行降罚，朝廷把变蛟、光先贬官三级，让他们戴罪办理剿贼事务。
贼兵再次进入陕西以后，他们的首领有一个号称六队的，同大天王、混天王、军管王四部联合向东进犯。混天星、过天星两支队伍仍然潜伏在阶州、文县两地，只有李自成从洮州出兵西番。洪承畴命令变蛟同贺人龙追击他们，连续作战，共斩敌六千七百多首级，西番地面上缺少粮食，贼兵死亡很多。变蛟转战千里，身穿的铠甲有二十七个昼夜没有解下过，剩下的贼兵败逃到边塞上去了。祖大弼驻守洮州，扼防贼兵不够得力，给他们逃到岷州以及西和、礼县一带的山中。变蛟返回围剿，贼兵躲藏起来，不敢出战，只有六队的势力还很嚣张。
左光先从固原出兵，贼兵已逃到陇州、清水，左光先追到秦州，六队同争管王又逃到成县、阶州，被变蛟遏制住。他们的分支部队号称三队的及仁