被贼寇阻截，四川的将领曾荣耀等人来增援，也败退了，贺人龙因此被剥夺官职，戴罪立功。小红狼围困汉中，瑞王告急，洪承畴率领贺人龙的部队从两当赶去解救，贼寇撤离了，朝廷传令给贺人龙恢复了官职。徽州、秦州的逃贼东趋平阳、凤阳，贺人龙悄悄跟随到柳林，作战失利，贼寇想攻打西安时贺人龙抵抗他们，斩获很多。这年冬天，李自成、登相进入四川，洪承畴率领贺人龙等前往增援，年底他们到广元时，贼寇已经逼近成都，李自成则从松潘返回陕右。
洪承畴指挥贺人龙等从阶州、文县穷追猛打，李自成逃入西羌界内，贺人龙与曹变蛟等跟他大战了29天。李自成带领残兵入塞，窜逃出山，打算进入四川，被贺人龙和马科在后边紧追，冲进汉中，又被左光先拦住，他的同党祁总管投降了，李自成差一点被干掉。京师戒严，朝廷提拔贺人龙为总兵官，让他率兵前来防卫，贺人龙的部下有很多降贼，部队开到山西就发生了哗变，不久被安抚下来。到达京师后，贺人龙和曹变蛟等在太平打了胜仗，第二年京师的战事平息了，贺人龙回到了陕西。这年秋天，张献忠、罗汝才叛逃，打算进入陕西，贺人龙及副将李国奇等人在兴安阻截，他们就进入了川东，杨嗣昌传令陕西总督郑崇俭率领贺人龙、国奇的部队合剿，贺人龙向贼寇发起进攻，把他们打得大败。
贺人龙与左良玉在玛瑙山把贼兵打得大败，贺人龙斩获了一千三百多首级，降服了二十五名贼将。罗汝才、登相进犯开县，总兵郑嘉栋在仙寿岭攻击他们，贺人龙在马弱溪向他们进攻，一共斩下首级一千二百个。罗汝才、登相分别向东、西两个方向逃跑，官兵追他们没能追上。当时，贼寇全都聚集在四川境内，监军万元吉命令四川的将领守定巴山、巫山等关隘，贺人龙、国奇及湖北的将领张应元、汪云龙、张奏凯专门负责追击。等应元的部队进入夔州，在土地岭扎下营寨后，贺人龙逗留不前，各路部队因此大败，贺人龙竟然回陕西去了。后来，献忠、汝才打下剑州，直奔广元，即将从小路逃进汉中，贺人龙在阳平、百丈两座关口加以抗击，贼寇才撤退。杨嗣昌到达重庆，多次传令贺人龙来会师，贺人龙都不去。
当初，杨嗣昌讨厌左良玉，许下诺言让贺人龙接替良玉当平贼将军，等到玛瑙山大战以后，良玉