遭到权臣阻挠，悲忿纵酒而亡。
元仪文武双全，曾纳秦淮名妓杨宛、王微为妾，时人称：“年少西吴出，名成北阙闻，下帷称学者，上马即将军。”家富藏书，并与曹学佺、董其昌、汤显祖等学者和藏书家往来颇密。编撰有《九学十部目》，分为经学、史学、说学、小学、兵学、类学、数学、外学。茅元仪能够以学术为分类标准，开目录学研究之新，刻书亦多，自编自刻有《武备志》240卷，被后人称之为“军事学的百科全书”，刻宋、元、明人着述10多种，一生着述宏富，有《武备志》、《督师纪略》、《复辽砭语》、《石民四十集》、《石民未出集》、《暇老斋杂记》、《野航史话》，《石民赏心集》、《谕水集》、《江村集》、《横塘集》等六十多种，数百万言。但因屡遭禁毁，散佚较多，对后世影响最为深远者，当首推《武备志》。