他还着有《寒松馆游览诗》、《归鸿馆杂着》等八种，由此可见其学识之渊博。
然而世事不公，他虽是博学通才，但他的才学策略却并未被当世所用。因此，顾起元所着的《焦澹园太史墓志铭》中写道：“先生之官碛在金马玉堂，先生之道价在儒林文苑，先生之大业在名山国门，先生之风教在九洲四海，先生之遗愿在稷丘槐市。”表面上是在抒发情怀用以悼念先人的高风亮节，实际上是对其自身的写照。
顾起元着作众多，但以散文见长，他的散文注意辞采，注意吸取骈体四六的创作经验，其长处与缺点也都因此而形成，恰如黄宗羲在《明文授读》中评价道：“博学以徐、庾为根柢，故其文好用排调，下者入于事类赋，修辞之过，反多俗笔。”他的诗歌多能感叹时事，抒发感慨与情怀，有些富有现实内容，可以作批判时事之用。
着述主要有《顾氏小史》《金陵古今图考说略》《客座赘语》《遁园漫稿》《中庸外传》《四书私笺》《雪堂随笔》等。《客座赘语》，共10卷，采用笔记体。多载南京方言、服饰、户口、徭役、人物、士习等故实，而于嘉靖、万历年间社会经济、民情风俗的变化，尤为注意。此外也辑录一些与南京有关的故事传说，后来的甘熙、陈作霖写的很多书都来自于顾起元。