明军乘胜追击，先后在咸宁关、关上镇打败了农民军，追到陇安时，嘉谟和变蛟联合夹攻，又打败了他们，几千名残余农民军想逃往汉南，被游击将领赵光远阻截，于是从长宁驿逃到了张家川。有一支从清水分出的农民军力量较强，副将蒋一阳同他们相遇后战败，都司李宫用被捕了。曹文诏于是使用反间计，使其他首领上当，让他们杀死了红军友，然后赶至水落城打败了他们，追到静宁州的时候，农民军飞奔占领了唐毛山，变蛟率先攻上山头，全歼了这支农民军。
民变首领满天飞、郝临庵、刘道江被王承恩打败后，退保铁角城。独行狼、李都司赶去同他们会合，满天飞、刘道江于是就携手围攻合水。曹文诏前去援救，农民军隐藏了自己的精锐部队，只让一千多骑兵出来迎战，引诱明军抵达南原时，伏兵大起。城上的人都说曹将军已经死了，曹文诏拿着长矛来回冲击，单枪匹马被包围在万余名农民军中间。各军见状，就出兵夹击援助，农民军大败，伏尸遍野，残余的农民军逃往桐川桥去了。曹文诏率领曹变蛟、冯举、张嘉谟及其参将方茂功等追上他们，冲锋陷阵，拼命厮杀，农民军又大败。不久，曹文诏与宁夏总兵贺虎臣、固原总兵杨麒在甘泉虎兕凹打败农民军，都大获全胜。
总兵洪承畴在平凉斩了满天飞，降服其将领白广恩，其余的农民军分路逃窜了，曹文诏赶到陇州、平凉、凤翔之间追歼他们。三次战斗三败农民军，接着就逼向耀州锥子山的农民军，其党羽杀死独行狼、郝临庵后投降了。洪承畴杀了其中四百多人，其余的遣散回家。关中的农民军这下子略略被剿平了。
巡抚御史范复粹在递给朝廷的奏章中，总计历次战斗中共获首级三万六千六百多，曹文诏的功劳第一，张嘉谟第二，王承恩、杨麒又在其次。文诏在陕西时，大小几十次战斗，立功最多，洪承畴却没有给他记功。巡按御史吴生生十分推重文诏，复粹也再次上书汇报，但兵部还是压低他的功绩，最后还是没有给曹文诏论功行赏。
农民军看到陕西兵力强盛，就大都流入山西，他们的首领紫金梁、混世王、姬关锁、八大王、曹操、闯塌天、兴加哈利分别统帅七大营部，每部人数多的有一万人，少的也有五千人，在汾州、太原、平阳等地肆意活动。御史张宸极上书朝廷