说：“贼寇是从陕西来的，陕西将领曹文诏素有威名，士绅百姓为他编歌谣称赞说：‘军中有一曹，西贼闻之心胆摇。’而且他曾经在山西立过功，陕西的贼寇已消灭殆尽，应该下令让他进入山西帮助围剿贼寇。”于是，朝廷命令山西、陕西的各位将领一同受曹文诏指挥。
曹文诏抵达霍州，在汾河、盂县打败农民军，又乘胜追击到寿阳。巡抚许鼎臣派遣谋士张宰在大军赶到之前先期尝试着跟农民军战斗，农民军给惊退了。曹文诏追击他们，在碧霞村杀了混世王，剩余的农民军被猛如虎驱赶跑，在方山同曹文诏的军队相遇，又被打败，五台、盂县、定襄、寿阳的农民军都平定了。许鼎臣命令曹文诏驻军平定，防守太原的东部，命令张应昌驻军汾州，防守太原西部，曹文诏接连又在太谷、范村、榆社等地打败农民军，太原的农民军差不多被剿平了。
朱由检因为曹文诏立功最多，命令他所经过的地区多积攒粮草犒劳他的兵马，并且敕令曹文诏尽快镇压农民军。山西监视军情的宦官刘中允上书说：”曹文诏在徐沟、盂县、定襄围剿贼兵时，这些地方的主管部门不但不给他们稻米，反而用大炮打伤他们的士兵。“朱由检就把此事交给御史察问。
农民军从河内登上太行山，文诏在泽州打败了他们，农民军逃往潞安曹，文诏到阳城遇到农民军没有打击它，而是从沁水偷偷地出兵拐回来，在芹地、刘村寨袭击他们，斩获了千余首级。农民军屯兵润城，另外的队伍又打下了平顺，杀害了知县徐明扬。曹文诏一到，农民军就撤退了，于是曹文诏半夜里袭击润城，斩获农民军一千五百人。紫金梁、老回回从榆社逃往武乡，过天星逃往高泽山，曹文诏都赶去把他们打败了，另外的农民军围攻涉县，听说曹文诏打下了黎城，就赶忙解围离去。
朱由检派宦官孙茂霖做曹文诏军中的中军官，农民军攻打沁水，曹文诏把他们打得大败，活捉了他们的首领大虎，又在辽城毛领山西面打败了他们。农民军在屡次战败的情况下，避开曹文诏的主力，大都流向黄河以北去了。朱由检于是命令文诏移兵前去讨伐，而农民军已在林县打败了邓玘的军队，曹文诏率领五营兵力夜晚出袭，打败了他们。又在柴陵村打败了怀庆的农民军，斩杀其首领滚地龙，又在林源追杀了老回回。