复一死后，王瑊来接任，凡事都靠着傅宗龙来办理，傅宗龙于是逐步剪除了水外的叛逆队伍，打算大力兴办屯田。安邦彦怕了，妄图过来破坏，大举渡河过来入侵。傅宗龙在赵官屯打败了安邦彦，斩除了老虫添，威名大振。那个时候，大帅刚刚死去，整个贵州受到震动，朱燮元远在四川，王瑊虚领其职，不是傅宗龙，贵州差点完了。朝廷下诏升傅宗龙的官为太仆少卿，后来傅宗龙丁忧回家去了。
傅宗龙起任原职，朝廷采纳孙承宗的推荐，提拔傅宗龙为右佥都御史，巡抚顺天。不久，转任兵部右侍郎兼佥都御史，总督蓟门、辽东、保定军务。
此后，傅宗龙因为一点小事被罢官，过了很多年，李自成大举进入四川，攻下四川的三十多个州县，崇祯帝才想起傅宗龙，说：“假使傅宗龙巡抚四川，贼兵怎么能达到这种地步！”于是，催促兵部把傅宗龙从家里起复，傅宗龙到四川接替王维章后，与总兵罗尚文打退了起义军。因为杨嗣昌的推荐，傅宗龙被召入朝中担任兵部尚书，离开了四川。
傅宗龙自从平定贵州的乱贼以后，共十四年当中总是一会儿得到起用，用不久就又免除了官职，傅宗龙到京师后进去朝见崇祯帝。他为人刚直不屈，不会顺着人的脾气讨好人，崇祯帝愤恨兵部长官不称职，杨嗣昌因为狡诈得到了崇祯帝的欣赏。
傅宗龙为人朴直、忠厚，刚觐见就讲百姓困穷，国家财力虚竭，崇祯帝相当肯定这一点，只是傅宗龙说个不停，崇祯帝听腻了，于是不高兴地说：“你是来整顿军事的！”傅宗龙退出以后，崇祯帝对杨嗣昌说：“怎么回事？傅宗龙过去治理贵州很有一套，现在却只讲这些琐屑的事务，都是他人唾余的事，这是怎么回事？”从此，傅宗龙有所奏请，大都被驳回了。
熊文灿罢官以后，傅宗龙就上书讲：“过去贼兵东窜西逃，所以杨嗣昌提出划地剿灭的办法。现在流窜不停的贼兵都停在了各自的地盘上，请让我过去在短期内办成解救危急的功效吧！让总理只管辖湖北、河南，陕西总督兼管四川，凤阳总督兼管安庆，各自统率所属部队稳住本镇，我预期十二个月内取得成功。”进而推荐说湖广巡抚方孔炤可以接替熊文灿，崇祯帝不予采用，用杨嗣昌去担任督师。
杨嗣昌外出担任督师以后，递上奏章