请拨军粮，兵部不能完全供给他，杨嗣昌就弹劾尚书不称职。傅宗龙也弹劾杨嗣昌，说他白白耗费国家的财力，不能报效国家，还要盛气凌人，欺负朝臣。正好这时蓟辽总督洪承畴请任命刘肇基为团练总兵官，宦官高起潜又揭发刘肇基为人懦弱、胆小，傅宗龙没有立即答复他们，崇祯帝就发火了，批评他抗旨，要他回禀真相。傅宗龙的奏章交上后，又被看作是把封疆大事视同儿戏，就因此被投入监狱。法司判为充军边疆，崇祯帝不同意，想把他处死。
杨嗣昌死了，新任兵部尚书陈新甲推荐傅宗龙的才干，崇祯帝一时没有答话，过了很长时间才说：“他倒是朴实、忠厚。朕以对他的愧疚之心来任用他，他应该不计前嫌，为朕尽死力才是。”于是，把傅宗龙释放出来，让他以兵部右侍郎兼右佥都御史的职衔去接替丁启睿，总督三边军务。
那个时候，李自成有兵马五十万，刚刚打下了河南洛阳，又进犯开封。罗汝才又从南阳开赴邓州、淅州，与他会师，崇祯帝命令傅宗龙专门对付李自成。傅宗龙打算集结关中的全部军队、粮饷出关开战，但是所属的府县发生旱、蝗灾害，已经无法应征了。
傅宗龙带领四川、陕西的两万部队开出潼关，驻扎在新蔡，与保定总督杨文岳的部队会合。然后，由贺人龙、李国奇率领陕西部队，虎大威带领保定部队，一起架起浮桥，东渡汝宁，联合起来开赴项城。两支部队都渡了过去，奔向龙口，李自成、罗汝才也在上游架起浮桥，打算奔赴汝宁，侦察到两个总督的部队开来，就把精锐兵力都埋伏到树林中，佯装统领各路起义军从浮桥上过河西去。贺人龙让后边的骑兵侦探敌情，骑兵回来禀报说：“贼兵要向汝宁去了，架起浮桥就要渡过河走了。”傅宗龙、杨文岳夜间召集诸将，决定明早开战。
两支官军一起进兵，半路上一个骑兵跑回来说：“贼兵全渡过河了。”又往前走，一个骑兵跑回来报告：“贼兵渡过一大半，三分渡过两分了。”傅宗龙、杨文岳说：“往前追。”又走了三十里，来到孟家庄，时间已是正午。贺人龙、虎大威说：“马累了，明天再战，停止前进扎营休息吧。”各个部分都下马解甲，把武器靠到一边去了，大家四出到村子里寻找马草。起义军暗中发觉后，猛然间从林子里杀了出来，伏兵都冲上来跟官