房考官在呈卷前偷看中试封号，从中舞弊。吴伟业的本房师李明睿仰承周延儒之意，把吴伟业的卷子作为第一名，做了些手脚，终于使吴伟业高中会元。这一舞弊行为被温体仁的亲信薛国观故意泄漏于朝廷，御史袁鲸正准备具疏参论，周延儒抢先一步，把吴伟业的卷子送给崇祯帝御览，崇祯帝阅后很满意，批了八个字“正大博雅，足式诡靡”，既然崇祯帝已经表态，御笔钦点吴伟业为会元，人们就不好再说三道四了。
当时，周延儒所提拔的大同巡抚张廷拱、登莱巡抚孙元化等，都被外界认为是向周延儒行贿得官，引起舆论不满。他的子弟家人横行乡里，激起民愤，受到言官的纠弹，他的兄长周素儒冒籍锦衣卫，搞到个千户的职位，他的家人周文郁成了副总兵，都遭到舆论的抨击。这些问题日积月累，终于由言官掀起一个弹劾周延儒的高潮，陕西道御史余应桂、户科给事中冯元飚、山西道试御史卫景瑗、四川道试御史路振飞等纷纷上疏列举周延儒贪赃枉法、专横跋扈之事。但崇祯帝都予以驳回，当周延儒一再上疏辩解并请求罢官时，崇祯帝还温旨慰留。
不久后，吴桥兵变爆发，毛文龙旧部孔有德、耿仲明、李九成等在登州发动叛乱，登莱巡抚孙元化被俘，舆论哗然，人们不约而同地把矛头指向重用孙元化的周延儒。余应桂再次上疏弹劾周延儒是吴桥兵变的罪魁祸首，崇祯帝下旨切责，将余应桂降官三级，以示惩处。恰巧这时，西协监视太监邓希诏与蓟辽总督曹文衡互相攻击，引起言官们反感，工科给事中李春旺强调，邓希诏与曹文衡互相攻讦，语侵辅臣周延儒，这实在是国家治乱盛衰的大漏洞，因此不仅督臣曹文衡可去，阁臣周延儒也不可留。在这一连串言官攻击周延儒的背后，是温体仁在暗中指使，而崇祯帝虽然都驳回对周延儒的弹劾，但对周延儒的信任也有所动摇了。
吏部尚书闵洪学是温体仁一提拔的，每做一事都为温体仁收买人心，而把所有的过错都推到周延儒身上。一时间官僚中捷足先登者无不奔走于温体仁门下。周延儒的亲信对闵洪学恨之入骨，给事中王绩灿与御史周令誉、周堪赓先后上疏攻击闵洪学，而尤以兵部员外郎华允诚最为激烈。华允诚在议论国事“三大可惜、五大可忧”的字里行间，攻击内阁次辅温体仁与吏部尚书闵洪学朋比为奸，