劫，这样近八年来所召来的部队都和贼寇成了同伙，所食用的军饷都无异于盗贼的饷粮了。”又说：“总督、总理应该掌握有专门的部队和专门的粮饷。把咸宁、甘肃、固原的部队调派给总督，蓟州、辽阳、山海关、宁远的部队归属总理指挥。”还说道：“各直省的巡抚大臣都有边疆重任，不要一有贼警就请求别人增援、调兵，不响应他吧，大家本来就应当同舟共济，四处去接应他吧，兵力怎么能跟得上？”又说：“台谏大臣们不管事情的难易，不顾将士的死活，专门在那里说长道短，求全责备。别人即使有再大的本事又怎么能施展出来？我和总督大臣两个人只讲剿法不讲堵法，只讲怎么打不讲怎么守。”这些话都说中了要害。
高迎祥、李自成攻陷含山、和州，进围滁州，卢象升在西沙河闻报，派总兵官祖宽等连夜赴援，自己率杨世恩之兵分道进击，大战于滁州城东五里桥，斩农民军将领摇天动，农民军溃败，滁河为之不流。卢象升总兵官祖大乐在龙山谷熟集邀击农民军，大败，农民军逃到登封，接着又与伊洛、嵩山一带的农民军会合，分趋裕州、南阳。卢象升发兵在七顶山大败李自成，几乎尽歼其精锐，卢象升到了南阳，命祖大乐守汝宁，祖宽守邓州，亲率诸军追击李自成，让湖广巡抚王梦尹、郧阳抚治宋祖舜东西拦截，前阻汉江，争取一战消灭李自成。然而王、宋两人围堵失败，农民军从光化渡汉江进入了郧阳山区。
卢象升传檄总兵秦翼明、副将雷时声从南漳、谷城出发，与他一起入山围剿农民军，秦翼明迷路失期，雷时声战死，卢象升单骑逃走，丢失关防，与祖宽等人的辽东骑兵会合。然而辽东骑兵不利于险阻地区作战，副将王进忠的部下发生哗变，罗岱、刘肇基的很多士兵逃跑，派人去追，他们就弯弓回头射。卢象升只好调四川及筸子地方的土兵来搜捕均州的农民军。卢象升判断难以剿灭，便在四月分派诸将扼守郧阳、襄阳一带，自己率辽东骑兵进入河南。
当时，高迎祥等人的农民军也进入陕西、四川、河南交界地带的群山之中，农民军多而官军少，河南又大闹饥荒，官军缺饷，辽东骑兵更加人心惶惶。正在卢象升为此忧心忡忡的时候，洪承畴写信给他，建议将辽东骑兵调至地势平坦广阔的关中地区，卢象升在潼关与洪承畴会晤商议后，就让祖