紧命令礼部。侍郎孙如游极力争辩，此事才终止，皇帝不朝见，方从哲与朝廷大臣到宫门前问安。
当时，京城纷纷传说宦官崔文升进呈泄药，皇帝因此萎靡，而且皇帝的圣谕中有“头目眩晕，身体软弱，不能动脚”的话，众人的情绪更加疑惑、惊骇。给事中杨涟弹劾崔文升并波及方从哲。刑部主事孙朝肃、徐仪世，御史郑宗周一起呈书方从哲，请求保护圣体，迅速建立皇储。方从哲向皇帝问安，于是劝谏皇帝慎重吃药，皇帝褒扬并答应了他。
皇帝的病情已经很危险，皇帝召唤方从哲、刘一燝、韩爌，英国公张惟贤，吏部尚书周嘉谟，户部尚书李汝华，礼部侍郎署理部中事务的孙如游，刑部尚书黄克缵，左都御史张问达，给事中范济世、杨涟，御史顾慥等人到乾清宫。皇帝驾御东暖阁靠着茶几，皇长子、皇五子等人都侍从在旁。皇帝命令诸位大臣上前，方从哲等人便奏请皇帝慎重就医、服药，皇帝说“：十多天没有吃了。”
于是，下谕册封选侍为皇贵妃，又召见诸位大臣，告谕册封的事。方从哲等人奏请迅速册立皇储，皇帝看着皇长子说：“你们辅佐他成为尧、舜。”又谈及寿宫，方从哲等人以先帝的山陵作答。皇帝指着自己说：“我的寿宫。”诸位大臣都哭泣了。皇帝又问“：有位鸿胪官敬呈药物，他在哪里？”方从哲回答“：鸿胪寺丞李可灼自称有仙方，我们不敢相信。”皇帝命令召李可灼来，催促他调配药物奉献给皇帝，即所谓的红丸。皇帝服完一再称他为“忠臣”。诸位大臣退出恭候在宫门外。宦官传告皇上身体平安，将近下午三至五时，李可灼出来，称又呈送了一粒红丸。方从哲等人询问状况，他回答：“像先前一样平安。”第二天，皇帝逝世。朝廷内外都恨李可灼，而方从哲拟遗旨却赏赐李可灼银币。当时，李选侍居住在乾清宫，群臣进去哭诉，诸宦官紧闭宫门不允许进去，刘一燝、杨涟极力讥讽他们，才得以依礼面对皇帝哭泣，拥着皇长子出来，住进慈庆宫，方从哲只是周旋罢了。
起初，郑贵妃住在乾清宫侍候神宗的病体，光宗登基后她仍然没有迁移，尚书周嘉谟责备贵妃的从子郑养性，于是她迁居慈宁宫。等到光宗逝世，而李选侍住在乾清宫，给事中杨涟和御史左光斗思虑选侍曾经要求册封为后，不可以让她居住乾清宫