，以防冲撞了皇帝的嘱托。因此商议迁移宫殿，争辩几天不能决定。方从哲想慢慢处理。新皇帝登基的前一天，刘一燝、韩爌邀约方从哲到宫门奏请，选侍才移居哕鸾宫，第二天庚辰，熹宗登基。
在此之前，御史王安舜弹劾方从哲轻率地推荐疯癫的医生，又奖赏他以掩饰自己，方从哲草拟太子的指令，罚李可灼一年的俸禄。御史郑宗周弹劾崔文升的罪行，请交给法司，方从哲拟令由司礼察处。等到御史郭如楚、冯三元、焦源溥，给事中魏应嘉，太常卿曹王光，光禄少卿高攀龙，主事吕维祺，先后上奏说“：李可灼的罪行诛之难泄其愤，方从哲却庇护他，国法何在？”
给事中惠世扬径直检举方从哲的十条罪状、三条可杀的理由，上奏称：“方从哲独任七年宰相，妨碍贤良祸害国家，为第一条罪状；骄横愚钝，没有礼节，在皇帝去世处理事务时出现失误，为第二条罪状；在太子宫中发生梃击案，庇护奸党，为第三条罪状；随心所欲，破坏皇帝的诏书，为第四条罪状；纵容儿子杀人，蔑视法令、典章，为第五条罪状。阻挠、抑制言官，堵塞皇帝的耳目，为第六罪状；丢失城池违反法令，宽纵抚臣，为第七条罪状；马上督战，全军覆没，为第八条罪状；徇私骗上，使辅臣蒙羞，为第九条罪状；代征专卖税，侵蚀国家，殃及百姓，为第十条罪状。贵妃请求封为皇后，举朝极力争辩，方从哲模棱两可，为第一件该杀的事；李选侍是郑氏亲近的人，凌辱圣母，致使圣母饮恨而死。方从哲接受了刘逊、李进忠所盗取的美珠，想封选侍为贵妃，又听任她长期居住乾清宫，为第二件该杀的事；崔文升用泄药伤害先帝的身体，诸位大臣议论此事，方从哲想逃脱罪责，李可灼奉献毒药，方从哲还拟作赏赐，为第三件该杀的事。”奏疏呈入，皇帝责备惠世扬轻率地诋毁人，方从哲多次请求离去，皇帝都抚慰挽留。
不久，张泼、袁化中、王允成等人接连弹劾他，皇帝仍不听。当年冬天，给事中程注又弹劾他，皇帝仍不听，方从哲极力请求离去，六次上奏，皇帝任命他为中极殿大学士，赏赐银币、蟒衣，派遣行人护送他回乡。
礼部尚书孙慎行追究李可灼奉献红丸的事，斥责方从哲为谋害君王的逆贼，诏令朝廷大臣商议，都御史邹元标赞同孙慎行的奏疏。方从哲上奏辩解