，自己请求削夺官阶，发配到边远的地方，皇帝下谕安慰他。给事中魏大中因为九卿的提议长期拖延，上奏催促，朝廷大臣大都赞同孙慎行给方从哲定的罪名，只有刑部尚书黄克缵，御史王志道、徐景濂，给事中汪庆百般偏袒方从哲，而詹事公鼐持中立态度。
当时，大学士韩爌陈述呈送药的前后经过，替方从哲解脱，因此吏部尚书张问达与户部尚书汪应蛟联合上奏称：“呈送药的前后经过，我们一起耳闻目睹。辅臣探视皇帝的病，情形急迫、仓促，怎么忍心说‘弑逆’二字？但是李可灼不是医官，而且也不是知脉懂医道的人。用药做尝试，先帝就去世了。方从哲与我们九卿未能制止，都有罪，反而赏赐李可灼。等到御史王安舜上奏，只令他以养病而离去，处罚太轻，怎么告慰先帝，让朝廷内外心服。应该像方从哲的请求，削夺他的官阶，依法追究，至于李可灼的罪行不胜诛杀，而崔文升在先帝不幸感染伤寒的时候，呈送大黄凉药，罪行又在李可灼之上，依法都应该处决示众，以泄公愤。”奏议呈上，李可灼被遣送去戍边，崔文升贬至南京，而方从哲没有治罪。
不久，孙慎行称病离去，魏忠贤辑录“梃击”、“红丸”、“移宫”三件事编成《三朝要典》以倾轧正直的人，于是免去了李可灼的戍边之罚，任命崔文升督导漕运，他的党羽徐大化请求启用方从哲，方从哲不出仕，然而一时间请求诛杀方从哲的人被贬官、杀戮几乎殆尽，崇祯初年，方从哲去世，赠封太傅，谥号文端。