辽东失陷后，从海路逃回，乘守备空虚杀死后金镇江的守将，向巡抚王化贞做了报告，没有告诉经略熊廷弼，由此两人开始有了怨恨。袁可立接任登莱巡抚后，加升毛文龙为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内地一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江，在登、莱沿岸的大海中，全长八十里，不生长草木，远离海岸，靠近北岸，北岸与后金界只相隔八十里的海面，他的东北海就属于朝鲜了。
纵观明代巡抚节镇登莱，袁可立是唯一从大局出发长时间有效支持毛文龙的登莱巡抚，是前后几任登莱巡抚中对毛文龙支持力度最大的一任。甚至在地震时还在向朝廷上疏请求“预筹毛帅之接济”。杨嗣昌刚上任就替袁可立向皇帝请饷道：“抚臣袁可立受命方新，请发帑金二十万安兵散民，似非得已，惟在圣明裁定，赐予若干。”袁可立上任不到十个月，毛文龙就被加秩进阶直赐尚方剑。
袁可立御文龙多得牵制之功，毛文龙的主要战绩和荣誉都是在这一时期取得的，袁可立令沈有容大兵出海，“嘱以相机进止以固榆关，以联毛帅。”袁可立设计策反后金女婿刘爱塔，令毛文龙、沈有容联兵策应，夜袭金州，收复旅顺，连克金、复、盖三卫及红嘴、望海、永宁等多堡要地，收复辽南海岛疆土千余里，后金“四卫已空其三，沿海四百余里之地奴尽弃之而不敢据，所余者酉虏千人而已。”使登莱、旅顺、皮岛、石城、宽叆等地连为一条弧线，对后金形成了一道大大向前延伸的屏障和包围圈，是明清战争史上仅有的敢于主动出击叫战开疆复土的战略进攻阶段。
毛文龙在袁可立的扶持下不断被加秩晋阶，开始恃功自傲，而其时朝官对毛文龙的质疑声浪日高。皇帝嘉奖道：“巡抚佥都御史袁可立厥治行劳哉，赐汝朱提文蟒。汝嘉而毛帅骄愎不协，蛊于兵，满蒲、昌城袭报用敢献功。”“乃满浦、昌城之捷，谓兵不满千，未交一战，不遗一矢，而使（虏）自相践踏，其被炮死者二万有余，马之走死者三万有余，止余真夷二万。公（袁可立）心颇疑之，私谓敷实而后报，不失于慎。”于是，移檄东江，核其虚实，而毛帅嫉公如仇，嗾言官寻端中之，奉旨核查他的战报和军饷，由此为毛帅所忌恨。
这时，忽然就有一个阉党宋祯汉，苟合自己的几个同