年东林人士宋师襄、方有度、庞尚廉等组成的利益集团利用和做大了毛文龙和袁可立的矛盾，轮番恶意攻击袁可立，以至于天启帝看不过去，公开打抱不平切责道：“大臣去留悉听上裁，言官论人当存大体，不必连章抟击。”朝中党派相攻者无虚日，袁可立不参与党争公正立朝，他没有意气用事，而是“力柔其（毛文龙）骨”，劝毛“臣子勿欺”，“公（袁可立）故奇其（毛文龙）胆智。”他认为毛文龙的存在事关明金战争大局，不是随便找个人就能替代的，最后是自己选择了功成身退，连上七疏辞官。
袁可立在很大的压力下核查毛文龙“满浦、昌城之捷”的战报使二人产生矛盾并被人发酵导致袁可立下台，对毛文龙、袁可立和大明三方都是一个全输无一赢的结局，甚至可以说自此成为辽战总局由盛转衰的一个转折点也不为过。所以即使是总体肯定毛文龙战绩的董其昌在谈到袁可立离任登莱这个事情上对毛文龙也有微词，至少毛在策略和结果上都是全盘皆输的。
袁可立一直为东江毛帅鼓与呼，募兵筹饷，殚精竭虑，直到袁可立下台八个月后还在朝中为毛文龙摇旗呐喊请功请饷，他说道：“奴酋逆天顺犯，于今七载，赖毛帅倡义屡获奇捷，大张挞伐之气，据所报功级解验前后大小三十余战，斩首共一千九十七级，数逾上捷者共五次，总获器械、弓箭等件共五万。当我圣主宵旰之时，人心危惧之日，海外有此奇功，其应陛应赏应恤之官兵相应敕部，行巡按御史覆勘，再为议序以侯俞旨施行。”
袁可立核查毛文龙是迫于朝官的压力而为，是当时的文官统御武将体制和东江军镇兵饷长期不足的一个瓶颈缩影，并没有影响到袁可立对毛文龙支持的初衷和辽海大反攻既定战略。千军易得一将难求，袁可立支持毛文龙，说到底是因为毛文龙能打仗，这正是一个战略家的眼光和独到之处，而非站在远处隔岸观火指手画脚之辈所能相比。袁可立去，毛文龙无人能御，且再想通过袁可立这个大神级人物合法讨要粮饷以难似上青天，导致了后来一系列悲剧事件的发生，这可能也是毛文龙和当时的明廷所始料未及的。
袁可立离任仅仅半年，缺乏有效调度和策应的大将张盘战死，接着努尔哈赤大举迁都沈阳，又半年孙督师发生柳河之败，明清军事对峙形势因袁可立