十万难民？”孙承宗于是与总督王象乾商议，王象乾认为驻扎关上的军队刚刚打了败仗，士气沮丧，不如调动插部护关的军队三千人前往宁远，孙承宗同意后一方面调兵前往宁远，一方面让王在晋去救难民，但王在晋却救援失败，十万难民只救回六千人。孙承宗对此非常生气，驳斥王在晋修筑重墙的建议，于是召集众文武将官商量重点防守的地方。阎鸣泰主张驻守觉华，袁崇焕主张驻守宁远，而王在晋、张应吾、邢慎言等人都持反对意见，但孙承宗采用袁崇焕的主张。孙承宗自镇关门，更加倚重袁崇焕，袁崇焕也不负所望，安抚军民，整备边防，功劳显着。
孙承宗决定镇守宁远，佥事万有孚、刘诏极力劝阻，但孙承宗执意前往，并命满桂与袁崇焕一起前往。袁崇焕到任后，发现祖大寿奉孙承宗命修筑的城墙不合规格，于是袁崇焕制定规格重新修筑，并命祖大寿与参将高见、贺谦督工。宁远城的修筑竣工，在满桂与袁崇焕的努力下，宁远被倚为关外重镇，将士们乐于为其效命，商旅百姓以及流民将宁远视为乐土。袁崇焕偕同大将马世龙、王世钦率水陆马步军一万二千巡视广宁，拜谒北镇祠，经过十三山，抵达右屯，就由水路在三岔河乘船而回。以袁崇焕防守的功劳，先后晋升为兵备副使、右参政。
孙承宗与袁崇焕定下计策，派遣将领占据锦州、松山、杏山、右屯及大、小凌河等地，并修缮城防长期驻守，宁远因此成为内地，开疆复土两百里。孙承宗遭到罢免，高第接替其职，高第认为关外一定会守不住，命令军队全部撤出锦州及右屯等地，督屯通判金启倧上书给袁崇焕说：“锦州、右屯、大凌三城都是前锋要地，如果撤兵，已经安居的百姓将再次被迁徙，收回的疆土再次沦陷，关内外经得住几次退守？”袁崇焕也向高第极力争辩：“兵法上说，有进无退，收回的疆土怎么能轻易放弃？锦州、右屯动摇，宁远便会难保，进而使关门失去了保障。这些地方只需要派遣良将守卫，就不需要太多的顾虑。”但高第执意要撤离，并且想要撤掉宁远的军队，但袁崇焕表示宁愿死在宁远，也不愿撤离，高第无法强迫袁崇焕，于是将锦州等地军民尽数撤离，丢弃米粟十余万，在迁徙路上死亡的人非常多，哭声震野，军民怨声载道，袁崇焕于是请求回家为父守丧，但遭到拒绝，袁崇焕升为按察