鸣害怕获罪，外出巡视边防。熹宗对东边的战局也很着急，一些人再次推荐讲官孙承宗主持军政，熹宗下令会推，在右中允周延儒力主之下，明熹宗任命孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士，入阁办事。过了几天，命令他以阁臣身份掌管兵部事务，孙承宗上疏请求重视武将，并奏上安抚西部、救济辽阳的难民、检查京师部队、增设永平大帅、修筑蓟镇的道路、开辟京东地区的屯田等对策。熹宗高兴地采纳了。这时边防多次告急，内阁大臣只希望暂时相安无事，而议论却一天比一天纷扰起来。孙承宗于是参劾熊廷弼、给事中明时举、御史李达、辽东巡抚方震孺、登莱监军梁之垣、蓟州兵备邵可立等人，诸人皆受处分，而那些仇视他、怨恨孙承宗的人也很多。
熊廷弼被罢免后，朝廷以王在晋为辽东经略，王在晋上任后打算袭取广宁，但总督王象乾认为就算能攻取广宁，但也不容易守住，还不如重守山海关防卫京都。于是，王在晋在山海关外八里铺修筑重关，留四万人马去守。山海关监军袁崇焕认为王在晋此举不是好的策略，与王在晋争辩无果后，上书首辅叶向高。叶向高却认为不能凭主观猜测，孙承宗请求亲自前往辽东决断，熹宗非常高兴，加封孙承宗为太子太保，并赏赐蟒袍、玉带、银币等。
孙承宗到达山海关后，巡行边塞，袁崇焕向孙承宗请示道：“在宁远驻扎五千兵力，以壮十三山的声势，然后派遣将领带兵去救援十三山。宁远距离十三山只有两百里，可以轻易占据锦州，如果不行再退守宁远，怎么能放弃十万难民？”孙承宗与总督王象乾商议，王象乾认为驻扎关上的军队刚刚打了败仗，士气沮丧，不如调动插部护关的军队三千人前往宁远，孙承宗同意后一方面调兵前往宁远，一方面去救难民，救援失败，十万难民只救回六千人。
孙承宗对此询问王在晋：“新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马移四万人来驻守？”王在晋说：“应该另外设立一支四万人的军队。”孙承宗说：“这样一来，八里铺就有八万兵了，可是一片石西北不派兵驻守吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城，旧城前面埋的地雷是用来对付敌人的，还是用来对付自己新兵的？新城可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关