不是在崇祯元年冬就是在崇祯二年春入阁。
因大学士刘鸿训罢官，崇祯帝指示吏部会推内阁增补成员的候选人，吏部尚书王永光想把温体仁加进名单，但被文选司郎中耿志炜拒绝，最终开出的名单包括吏部左侍郎成基命、礼部右侍郎钱谦益等人，东林党巨头钱谦益最有望入选。温体仁见名单上没有自己，很不高兴，同时又看到此前不久因召对称旨而得到崇祯帝青睐的礼部侍郎周延儒也没有入选，便料定崇祯帝会因此有所怀疑，于是与周延儒联手散布钱谦益的同党把持会推的传闻，自己也呈上一道《直发盖世神奸疏》，重提多年前的钱千秋科场舞弊案，攻讦钱谦益身为主考官竟然关节受贿，结党欺君，不应当成为阁员候选人。
崇祯帝果然相当重视，召见群臣于文华殿，命温体仁和钱谦益对质，温体仁紧紧抓住“臣一身孤立，满朝都是谦益之党”的核心观点，与周延儒联手攻击钱谦益，钱谦益十分被动，只好跪地待罪。崇祯帝判定温体仁说的是实话，称赞他“为国劾奸”，遂将钱谦益逐出朝廷。
江西道御史毛九华弹劾温体仁“媚珰”，即谄媚魏忠贤，并举证称阉党在杭州西湖为魏忠贤建生祠，温体仁率先为魏忠贤作诗歌功颂德，有“明德鼎馨”之语，暗示温体仁对钱谦益的攻击是阉党余孽对东林党的反扑。崇祯帝要求毛九华回奏详细情形，毛九华称温体仁丁忧回籍期间，以低价强买商人木材，受到商人诉讼，由于贿赂了阉党崔呈秀才得以免予追究；阉党亲信在杭州为魏忠贤建生祠“迎像”那天，温体仁父子匍匐前驱，赋诗赞颂，特地刊刻图画呈送魏忠贤，并献上了包含温体仁名字的献媚魏忠贤的诗册，诗内有“衮衣”“朱雀”“宫殿”之类的僭拟字眼。崇祯帝下令浙江巡抚、巡按核实上报。
与此同时，贵州道御史任赞化也参了温体仁一本，告发他纳娼妓倪瑞为妾，纵容其父倪四海上走私、勾结倭寇，被推官毛士龙捕获。温体仁害怕案发于己不利，贿赂狱卒，杀害倪四灭口。崇祯帝谴责任赞化以“秽词秽事”告君，降一级调外任。温体仁一面请求辞职，一面表示自己孤立无援，被钱谦益的党羽所诬陷，要求与毛九华对质，极力否认为魏忠贤献媚之事。
崇祯帝再次在文华殿召对群臣，温体仁、毛九华和任赞化都在场对质，崇祯