怀疑。不久，周延儒被揭发曾私下称崇祯帝为“羲皇上人”，被迫辞职，批准其辞职的票拟即出自温体仁之手，内阁首辅之位亦落入温体仁囊中。
周延儒去位时，为了报复温体仁，推荐何如宠入阁，但何如宠畏惧温体仁而不敢就任。刑科给事中黄绍杰直接指出何如宠就是畏惧温体仁这种奸佞小人，请求将温体仁逐出朝廷，崇祯帝斥其“率妄”，将他降调外任。温体仁以平定登州叛乱的功劳，进中极殿大学士，加少师。
温体仁升任首辅后，就试图除掉与他不和的吏部尚书李长庚，从而控制人事权。崇祯帝下旨宽恤被处分的朝臣。而李长庚未等刑部上奏的减刑名单奉圣谕批示，就在温体仁的催促下开具起废诸臣名单，疏上后温体仁上密揭弹劾李长庚。崇祯帝对李长庚不待刑部释罪疏得请就开具起废名单大为不满，认为他“屈法徇私，朋比欺蒙”，将李长庚削籍为民，温体仁的亲信吏部左侍郎张捷署理部事。崇祯帝在平台召见群臣，会推吏部尚书，张捷推举了名列“钦定逆案”中的阉党吕纯如，当场引发巨大争议，在场言官力执不可，甚至想殴打张捷，温体仁只好退而求其次，提议用自己的另一亲信谢升为吏部尚书，并被崇祯帝采纳。
其后，文震孟因讲《春秋》而得到崇祯帝青睐，由于文震孟是亲东林人士，所以被温体仁忌恨。温体仁回家养病，崇祯帝举行了一场空前的廷试，打算以考试方式从官员中选拔阁员。文震孟因病未能应试，却被崇祯帝钦点，与应试的张至发一起入阁。温体仁也回内阁供职，每次拟旨必征求文震孟意见，而且往往听从，文震孟以为温体仁“虚怀”，放松了对他的警惕。吏部尚书谢升要把曾因凤阳皇陵被焚而弹劾温体仁的言官许誉卿调往南京，文震孟却很欣赏许誉卿，反对将他调往南京，并为此大骂谢升。谢升进一步奏称许誉卿不想南迁是为了把持朝政，最终崇祯帝支持了谢升、温体仁，并将许誉卿贬为民。文震孟对此大发牢骚，讥讽说“科道为民，极荣之事”，温体仁便向崇祯帝告状，崇祯帝果然大怒，指责文震孟及其同党何吾驺“徇私扰乱”，随即将其逐出朝廷。
文震孟、何吾驺被贬后，郑鄤十分不满，温体仁便想除掉他，借此敲打文震孟、黄道周等亲东林人士。温体仁根据郑鄤族舅吴宗达揭发的材料，上疏弹劾