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于是，他普遍赏赐群臣，用崔呈秀为兵部尚书兼左都御史，唯独将袁崇焕的功劳废弃不录。当时鹏翼、良栋都还在襁褓之中，还不能走路呢。良卿甚至还代天子供祭南北郊社，祭祀太庙，天下都怀疑魏忠贤要篡夺政权了。
朱由校性机巧，好动斧锯以及涂漆之类的事情，累年不倦，每次在拉线削墨时，魏忠贤之辈常来奏事。朱由校很厌烦，荒谬地说：“我已知道了，你们好自为之。”魏忠贤因此便任凭自己的意愿恣行威福。他一年中多次出行，每次总是坐着文轩，羽帘青盖，四马如飞，铙鼓鸣镝之声，随着轰隆而过的车轮，隐没在飞扬的黄土之中。锦衣卫官校腰围玉带，踏靴着衤夸，提刀相随，夹驰于左右，厨师、优伶、百戏、奴婢这些随从的人，又以万计。百官的奏章，要用快马才能赶上。所过之处，士大夫遮道拜伏，欢呼九千岁，一些人干脆叫他“九千九百岁”“举朝阿谀顺指者但拜为干父，行五拜三叩头礼，口呼九千九百岁爷爷。”而魏忠贤还左顾右盼，不加理睬。客氏居于宫中，胁持皇后，残虐宫嫔，偶尔出宫回私宅，侍从声威显赫，光照道路，看上去就像是皇帝的仪仗队。魏忠贤原来愚笨无所长，他的党羽便日夜教他，又有客氏做内主，于是群凶肆虐，荼毒海内。
朱由校驾崩，信王朱由检即位，朱由检素来熟知魏忠贤的罪恶，自己深加戒备，魏忠贤的党羽开始恐惧了。杨所修、杨维垣先攻击崔呈秀以试探朱由检心意，主事陆澄原、钱元悫，员外郎史躬盛于是纷纷论奏魏忠贤，但朱由检隐而不发。
嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。奏疏呈上后，朱由检召见魏忠贤，让内官读给他听。魏忠贤非常恐惧，急忙用重宝贿赂信邸的太监徐应元，求他解救。徐应元是魏忠贤从前的赌友，朱由检知道这事，便斥责徐应元。
便将魏忠贤发往凤阳安置，魏忠贤在去凤阳的途中，仍豢养一批亡命之徒，朱由检闻悉后大怒，命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。李永贞得知消息，连忙派人密报魏忠贤，魏忠贤自知难逃一死，行到阜城时，听到后一项命令，便与同伙李朝钦在阜城南关客氏旅