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朱由检的祖父朱翊钧、父亲朱常洛相继去世，兄长朱由校即位。朱由检作为朱由校唯一在世的弟弟，被册封为信王。但朱由检并未立即出阁，而是住在紫禁城慈庆宫后面的勖勤宫。少年时代的朱由检喜欢读书，而且不苟言笑，常常静心养神、正襟危坐，衣冠不整就不见内侍。有陪读的内侍不敢读出声，他就厉声呵斥道：“读书是好事，倒害羞；若唱曲儿，倒不害羞耶？”明代皇子出阁前没有专门的师傅，因此朱由检遇到不懂的字时，就自行查阅《洪武正韵》《海篇直音》及《韵小补》等书。他并非深居简出，时常微服私访北京市集，购买物品，体察民情，因此对物价一清二楚，即位后亦多次戳破采购宦官说高价钱的谎言。
朱由校下诏为信王挑选王妃，在北京动工兴建信王府，礼部奏报顺天府五城两县共有七十七名处女等待挑选。主持择妃的张皇后以大兴县民周奎之女“丰容端丽”而选其为信王妃，经钦天监选出吉日，朱由检搬移出宫，行冠礼，纳征发册，出府迎亲成婚。朱由校考虑在京城新修一座信王府，但内官监太监李永贞请求修理京城的惠王府，以备信王居住，可能是鉴于国库乏困，加上瑞王、惠王、桂王前往藩国的花费，朱由校批准其请，由于李永贞中饱私囊，信王府的建筑与器具都极为简陋。
在朱由检是信王的期间，明朝内外局势风云诡谲，朱由校的亲信宦官魏忠贤联合朝中齐、楚、浙等朋党击垮东林党，掌控朝政。外部面临后金崛起的威胁，虽然后金在宁远被袁崇焕阻挡西进步伐，但边防仍然吃紧。西南则爆发了奢安之乱，可谓四郊多垒。朱由检作为藩王，不能参与政事，但也不得不小心自保。
在魏忠贤的阻挠下，他与朱由校见面的机会极少，即使见了面也几乎说不上话，他还差点卷入魏忠贤的阴谋。据说当时魏忠贤曾派一名刺客暗杀张皇后，被朱由校发现后移送厂卫审办，主管东厂的魏忠贤打算利用这名刺客，来诬陷张皇后之父张国纪“谋立信王”，从而废皇后、兴大狱，但他的同党王体乾却认为朱由校对张皇后和朱由检感情很深，此举不会成功，因而魏忠贤杀了这名刺客以灭口，并未波及朱由检。
朱由检对宦官弄权的弊端都看在眼里，他读史读到十常侍、董卓、曹操等擅权时，都会“抚卷切齿”，他