对于魏忠贤，朱由检也屡赐温词，曲加慰劳，以安其心。经过文武百官三次劝进，朱由检穿上衮冕，祭告天地，即皇帝位于皇极殿，改元崇祯，在登基大典时突发天雷之声。朱由检即位后，“总揽权纲，天下想望太平”，而他完成的第一件大事就是铲除魏忠贤及依附他的“阉党”集团。
朱由检即位之初，仍像朱由校那样对待魏忠贤及其党羽，该赏赐的照样赏赐，该封官的照样封官，魏忠贤反而感到不安，便对出身信王府宦官的司礼监秉笔太监徐应元毕恭毕敬，馈赠珍奇异宝，结为兄弟，并上书乞求辞去东厂提督之职，借以试探虚实。结果，朱由检不仅没有批准，而且还好言相劝，慰留一番，过了两天，朱由检准许魏忠贤的对食奉圣夫人客氏，出宫到私人宅第居住。魏忠贤上书乞请免去户部丧礼香蜡三万金，朱由检立即表示同意。
司礼监掌印太监王体乾请求辞职，朱由检不允。魏忠贤上书乞请停止为其建立生祠，朱由检批准以前生祠保留如故，不再新修，又夸魏忠贤“有功不居，更见劳谦之美”，又以“赞襄典礼”和东江战功为名给魏忠贤、王体乾等荫官。通过对魏忠贤、王体乾及其党羽的恩荫赏赐，在一定程度上打消了他们的疑虑，也麻痹了他们。
铲除魏忠贤的行动始于“阉党”内讧。“阉党”成员南京通政使杨所修参劾崔呈秀等，朱由检反而“责其轻诋”；另一“阉党”成员云南道御史杨维垣，两度参劾崔呈秀各种罪状，崔呈秀内心不安，请求回家守制，朱由检批准其请。崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”。
魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉，朱由检不为所动，命内侍当廷诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。之后，魏忠贤以身体不适为由，请求辞职，徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤