至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢，客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。时人评论此举“不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此”。
朱由检剪除魏忠贤后，兢兢业业，励精图治，力图挽回明朝的衰落，实现中兴之伟业。他训诫群臣，称在阉党垮台、“职掌还之各司”之后，群臣务必“致忠竭节”，洗刷积弊，以“为国节财，为民择吏”为要，同时“一切奏议有关国计者，遵我祖宗成法，不得妄议纷更”。他自己也以身作则，勤于政事，始终坚持经筵与日讲，不仅学习儒家经典，也作为听取讲官意见、与朝臣讨论时事的一个重要渠道，即使“边报纷纭”，经筵、日讲依然如故，甚至更加“精勤”。
朱由检每天“鸡鸣而起，夜分不寐”，宫中从无宴乐之事，他不仅坚持常朝，而且除了盛暑严寒之外，都会去文华殿召见重臣，讨论政事。从未懈怠于批阅奏章，往往“批阅至丙夜不休”，甚至还在半夜下达圣旨，不仅在明朝皇帝中以勤勉着称，甚至被臣下誉为“汉、唐以来良所稀见”。
在朝堂之内，崇祯初年的几位依附魏忠贤的阁臣黄立极、施凤来等相继被弹劾而去职，朱由检以“枚卜”（抽签）的方式挑选新阁臣。召集大臣和科道官到乾清宫，先拜天祈祷上苍保佑，再将推荐的阁臣姓名一一写出，装入金瓯之中．然后用筷子挟出。先挟出钱龙锡、李标、来宗道、杨景辰四人，群臣纷纷说时局艰难，请扩大阁臣数额，于是朱由检挟出周道登、刘鸿训二人。
此六人就一并被任命为礼部尚书兼东阁大学士，入阁参预机务，以李标为内阁首辅。因来宗道、杨景辰曾名列《三朝要典》副总裁，故在半年后毁《三朝要典》之际去职。刘鸿训因处置兵变令朱由检不满意而