却。朱由检在平台召见袁崇焕、满桂、黑云龙等将领及兵部尚书申用懋等，袁崇焕穿着青衣玄帽入宫，强调形势严峻，朱由检“慰谕久之”，袁崇焕又请率兵入城，朱由检不许，赐给他貂裘和银盔甲后结束这次召见。
与此同时，温体仁已上密疏弹劾袁崇焕通敌，据说皇太极也使用了反间计，让被俘的明朝太监听到汉人将领鲍承先、高鸿中等谈论袁崇焕里通后金之事，然后放回北京。朱由检再次召见袁崇焕及满桂、祖大寿等时，就斥责袁崇焕：“尔擅杀大帅，以至今日。今又不能扞患御侮，则平日恢复之言何在？”命锦衣卫将他逮捕入狱。朱由检派孙承宗安抚东奔的关宁军，并以梁廷栋、满桂分别为文武经略，替代袁崇焕。朱由检命满桂出击永定门外的皇太极大军，反遭重创，满桂阵亡。
皇太极亦意识到拿不下北京，便在留下表达议和之意的书信后及时撤军，从董家口出塞。“己巳之变”是继“庚戌之变”后明朝京畿所受到的又一次重大威胁，朱由检追究有关官员的责任，兵部尚书王洽死于狱中，蓟辽总督刘策、山西巡抚耿如杞、总兵张士显等文武大员被杀。朱由检数落袁崇焕“托付不效、专恃欺隐”以及给哈剌慎卖粮从而间接支援后金、图谋议和、纵敌不战、遣散援兵等罪状，将他凌迟处死。袁崇焕获罪后，先前支持过他的钱龙锡、韩爌遭到史、高捷等亲温体仁的言官弹劾，相继去职，李标、成基命虽继任首辅，亦不能久安于位，先后辞任。东林党的势力一落千丈，周延儒、温体仁入阁主政。
小冰河期进入比较严重的阶段，引发灾荒频繁、粮食歉收，西北和中原受灾尤甚，而田赋加派依然不减，造成社会矛盾的激化。遭受大旱的陕西澄城爆发王二起义，他们杀死知县、啸聚山林，拉开明末农民战争的序幕。陕西各地走投无路的农民与边镇逃兵、被裁撤的驿卒等合流，纷纷揭竿而起。这些起义者各自为战、流动性强，所以被统治阶级称为“流寇”。
朱由检任命杨鹤为陕西三边总督，接替已故的武之望，负责处理陕西民变，对于民变采取以抚为主、以剿为辅的方针，指出：“秦贼蔓延，虽因无岁，总由贪官债帅不恤军民，恣行剥削，以致转徙为盗。自今边方文武，俱宜遴才选补，不得听人规避，徒取备员。其官兵分合事宜，兵部密行督抚，