沛公先入定咸阳，暴师霸上，以待大王。大王今日至，听小人之言，与沛公有隙，臣恐天下解，心疑大王也。”项羽沉默不语。这时刘邦借故去厕所，把樊哙召了去，出了营帐，刘邦独骑一匹马，樊哙等四人步行护驾，从山下小路偷偷回到了霸上营中。而让张良向项羽谢罪，项羽因为已经顺心遂意也就没有诛杀刘邦的念头了。当时，如果没有樊哙闯帐谴责项羽，刘邦的事业几乎失败，刘邦被项羽封为汉王后，赐樊哙为列侯，号临武侯，升为郎中，随汉王刘邦入汉中。
刘邦在汉中站稳脚跟后，用名将韩信指挥了还定三秦之战，从而拉开了楚汉战争的序幕。在战争中，樊哙或者单独，或者跟随汉王与西县县丞、雍王章邯、章邯的弟弟章平，以及赵贲等人的军队作战，英勇异常，常率先登城陷阵，斩杀、俘虏敌军，因功被升为郎中骑将、封为将军，赐杜陵的樊乡为他的食邑。
随后又参加对楚作战，屠煮枣，在外黄击破王武及程处军，攻取邹县、鲁县、瑕丘县、薛县等地。项羽败汉王于彭城后，樊哙屯守荥阳的广武，增加二千户为他的食邑。一年后，又随高祖追击项羽，占取阳夏县，虏获楚将周将军的士卒四千人，把项羽包围在陈县，大胜而归。
项羽死后，刘邦称帝，史称汉高祖，因樊哙坚守作战有功再增加食邑八百户。
汉初，异姓诸侯王反叛不断，樊哙成为征讨叛军的主将。先攻打反叛的燕王臧荼，俘臧荼，平定了燕地；楚王韩信反，樊哙随高帝到陈县，活捉楚王韩信，平定楚地，更赐爵为列侯，以舞阳为食邑，号舞阳侯；以将军名义跟随高帝讨伐了韩王信，斩韩王信，与绛侯周勃等共同平定了代地，因功再增加食邑一千五百户；因击退陈豨、曼丘臣军，战襄国，破柏人，先登，收取赵地清河郡﹑常山郡等地共二十七县，被提升为左丞相，所部败陈豨的胡人骑兵于横谷，斩将军赵既，虏获代丞相冯梁、郡守孙奋、大将王黄等十人，与诸将共同平定代地乡邑七十三个；以相国职率兵击燕王卢绾，平定燕地十八县，五十一个乡邑，高帝把他的封邑增至五千四百户。
总计樊哙战功：跟随高祖作战，斩首一百七十六个级，俘虏二百八十八人；自己单独领兵作战，打败七支军队，攻下五个城邑，平定六个郡，五十二县。虏获丞相一人，